遅刻上司にイラつくパート社員、すれ違いの理由

上から目線ですね。
工場のラインで働いたことないから、そんな回答になるのでしょう。
まったくの無意味！
上司が責任取るのが責務であるが、この上司は責任取らず逃げるでしょう。

質問と回答がマッチングしていない気もしますが・・・
しかし、コミニュケーション不足というより、報告連絡不足が原因と
明確は指示と役割を明確にしていないことが原因と感じました。
上司は小言いうくらいなら明確な指示を出すべきでは？
パートも責任感を持ってやるなら指示されたことを全うすべきで
指示以外のことをするのが正解とは限らないので、上司に相談すべき内容では？
質問者側だけでは推測を出ませんが

私が問題解決のミーティングを行う時に、会議を有益にするために禁句のルールを設けたりしますその中の一つが「コミュニケーション不足が問題、コミュニケーションをとって解決しよう」。それができていないのでいろいろ問題が発生しているのは別に会議しなくともわかってます。この時、この言葉を切り札のように発して問題解決と、自己満足し得意気にしている人は頭がお花畑すぎます。

聖書に「汝人を裁くことなかれ」ってありますが、確かに思い込みで人を安易に裁く行為は禍根を残します。

家族でも夫婦でも。増してや他人の集まりの会社なら尚更です。

相談への答えのようだが、何か違う…。
言い訳に聞こえる。どんな理由があろうとも現場責任者はその仕事を全うすべき！
居なくても問題ないなら、パートにもそのように勤務体系、勤務時間をしっかりと説明すべき！
やる気を殺ぐようなことは上司は絶対にやってはいけないのです。
もっと同じ職場の人同士コミュニケーションを強化し、信頼を築くべきです。
これでは単なる言い訳ですね、これは…。相談者が読めばがっかりし、余計に落ち込みそう。

このパートの方の人事権を上司が握っているなら、当事者同士で解決できる問題ではないような気がしますが。

質問者から提供された情報しか判断材料がありませんが、普通に考えれば、明らかに非は質問者にあります。工場の製造管理、品質管理は完全にマニュアル化されており、作業がＳＯＰから逸脱することは許されません。食品工場ですから特に厳しいはずです。文面から判断すると質問者に他のオペレーターの作業を勝手に代行する権限もないと思われます。ましてや、上司の業務を自分の判断で行うなど絶対に許されることではありません。
一方、上司の行動自体はＳＯＰから逸脱しない範囲のものであると考えます。毎日１時間遅いのであれば、それが上司のＳＯＰに従ったルーチンなのでしょう。通常、管理職は裁量労働者であり時間管理の対象外であるということを考えれば、理由を詮索する必要もありません。３時間遅れる場合はまた別の事情があるのでしょう。
とはいえ、上司も上司です。部下のパートが勝手に自分の業務を行ってしまっているのがわかっているのですから、黙って見過ごしている上司も同罪です。立場を考えれば、自分の行動自体に問題がないからそれでよいというものではありません。マネジメント能力を疑います。部下に自分の行動を説明し、全体として逸脱が生じないようにする義務があるはずです。
最後に、管理がずさんとしか言いようのないひどい工場ですね。こんな工場から出荷される食品はとても食べる気がしません。

本当に二日酔いの遅刻だけだったらどうなるんだろうね。